(1) výběr zařízení. Při výběru farmaceutického zařízení existují určité problémy, jako je výběr na základě zkušeností (bez skutečného výpočtu nebo s nedostatečným výpočtem dat), slepá snaha o pokrok a nedostatečné prozkoumání fyzikálních dat, které vážně ovlivňují proveditelnost a hospodárnost zařízení.

(2) instalace zařízení a školení. Při instalaci farmaceutického zařízení se často věnuje pozornost postupu výstavby a ignoruje se kvalita výstavby, což vede ke zvýšení nákladů na údržbu zařízení v pozdějším období. Nedostatečné školení personálu údržby a provozu zařízení navíc představuje riziko pro správu a údržbu farmaceutického zařízení.

(3) nedostatečné investice do správy a údržby informatizace. V dnešní době, ačkoli mnoho podniků klade velký důraz na správu a údržbu zařízení, stejně jako na správu záznamů o údržbě zařízení a zaznamenávání základních parametrů a některé z nich byly provedeny, stále přetrvávají určité problémy, jako je obtížné poskytování údajů o údržbě a nedostatek účinných informací o specifikaci farmaceutického zařízení, jako jsou specifikace, výkresy atd., což neviditelně zvyšuje obtížnost správy, údržby a rekonstrukce zařízení.

(4) systém řízení. Nedostatek efektivního systému a metod řízení vede k nedostatečnému řízení personálu údržby farmaceutických zařízení, chybí standardizace práce personálu údržby a řízení farmaceutických zařízení a procesů údržby ponechává skrytá bezpečnostní rizika.